재판부는 결정문에서 “치료감호의 종료시점을 일정기간의 도과시점으로 하지 않고 감호의 필요가 없을 정도로 치유된 때로 정한 것은 보안처분의 본질에 부합하고, 정신장애 범죄자의 치료를 통한 사회복귀와 시민의 안전 확보라는 입법목적에도 정당하다”며 “따라서 치료감호기간을 정하지 않아 초래될 수 있는 사익의 침해는 그로써 얻게 되는 공익에 비해 크다고 볼 수 없는 만큼 신체의 자유를 침해하는 것이 아니다”고 밝혔다.
재판부는 또 “이 사건 법률조항은 법관의 선고로 개시된 치료감호를 사회보호위원회가 종료여부를 결정토록 규정하고 있으나, 피치료감호자와 그 법정대리인 및 친족은 치료감호의 종료여부를 심사·결정해 줄 것을 사회보호위원회에 신청할 수 있고, 위원회가 신청을 기각한 경우 행정소송을 제기해 법관에 의한 재판을 받을 수 있다고 해석되므로 피치료감호자 등의 법관에 의한 재판 받을 권리가 침해된 것이 아니다”고 덧붙였다.
반면 윤영철·김효종·전효숙 재판관은 반대의견에서 “피치료감호자에게 치료효과를 기대할 수 없는데도 계속 수용하는 것은 사회복귀 등의 목적달성에 유용하지 못하고, 또한 감호의 필요성이 없을 정도로 치유되지 않는 한 종신토록 자유가 박탈된 채 수용될 수 있다는 것은 피치료감호자의 자유만 일방적으로 박탈하는 것”이라며 “따라서 치료감호기간에 상한을 두지 않은 것은 방법의 적정성과 법익의 균형성을 잃어 과잉금지의 원칙에 위반된다”고 위헌의견을 냈다.
이들 재판관은 또 “치료감호는 형사사법처분의 하나로 신체의 자유 박탈을 내용으로 하는 보안처분이므로 법관에 의한 재판을 받을 권리와 같은 완전한 사법심사를 보장하기 위한 권리가 형벌의 경우와 동일하게 보장돼야 한다”며 “그럼에도 치료감호의 종료여부에 관한 결정을 행정부 소속기관인 사회보호위원회가 담당하게 하고 있어 법관에 의한 재판 받을 권리를 침해하고 있다”고 주장했다.