법원에 따르면 원고는 북한에서 여광무역연합총회사 사장 겸 노동당중앙위원회 자료연구실 부실장을 지내다가 지난 97년 2월 황장엽 노동당 국제담당비서와 함께 한국에 망명했다.
이후 원고는 2003년 7월 미국 OOO연구소로부터 초청을 받고 2004년 6월 여권발급을 신청했다.
그러나 외교통상부가 국가정보원이 미국 초청자 측이나 관계기관이 원고에 대한 신변안전대책이 강구된 후에 여권을 발급하는 것이 좋겠다는 요청에 따라 원고의 여권발급신청을 반려하자, 소송을 냈다.
이와 관련, 재판부는 판결문에서 “원고는 지속적으로 신변위해 협박을 받고 있으며, 신변보호를 위해 안가에서 24시간 신변보호를 받고 있는 상태인 점, 미국의 경우 대한민국의 경찰권이 미치지 않기 때문에 신변안전에 관해 미국 관계기관의 협조가 절대적으로 필요하다”고 밝혔다.
재판부는 그러면서 “따라서 이 같은 점을 고려할 때 초청자나 관계기관의 원고에 대한 신변안전보장에 대한 대책이 가구되지 않은 상태에서 여권을 발급하는 것은 대한민국의 이익을 현저히 해할 상당한 이유가 있어 국가정보원의 요청에 따라 피고의 여권발급거부 처분은 적법하다”고 판시했다.