대통령령에 해당하는 ‘보안업무규정’ 제3장 ‘신원조사’의 33조(신원조사) 1항에서는 공무원임용 예정자나 비밀취급인가 예정자, 공공기관 임직원 등에 대해 “국가정보원장은 국가보안을 위하여 국가에 대한 충성심ㆍ성실성 및 신뢰성을 조사하기 위하여 신원조사를 한다”고 돼 있다.
이와 관련, 참여연대는 “공무원 등의 결격사유를 확인하기 위해 신원조사 절차가 필요할 수도 있겠으나, 범죄이력이나 범죄혐의, 탈세 여부 등의 공무원으로서의 결격사유를 확인하는 것은 국정원같이 비밀조직이 아니라 경찰청 국세청, 또는 과거 중앙인사위원회같이 공직자 인선을 위해 만들어진 조직 등에 의해서도 얼마든지 파악할 수 있다”고 말했다.
참여연대는 “하지만 충성심과 신뢰성을 확인하다며 국정원이 조사한다는 것은 개인의 양심이나 정치적 견해를 조사해보는 것으로 이는 헌법이 정한 양심과 정치사상 자유에 대한 침해로 이어질 우려가 크다”며 “특히나 그 활동내용이 거의 공개되지 않는 국정원에게 이런 권한이 맡겨진 이상 이런 우려는 더 커진다”고 우려했다.
또 “신원조사 항목에 있는 성실성 같은 것은 신원조사가 아니라 일반적인 공무원 임용 심사에서 얼마든지 확인할 수 있는 것인데, 이런 일을 국정원에게 맡길 이유가 전혀 없다”고 지적했다.
그러면서 신원조사의 법률적 문제점을 지적했다.
먼저 신원조사는 법률이 아닌 대통령령인 보안업무규정과 대통령훈령인 보안업무규정 시행규칙에 의해서 시행되고 있는데, 법률에 의하지 않고는 국민의 기본권인 사생활 보호 및 양심의 자유를 제한할 수 없다는 헌법적 원칙을 위반하고 있다는 것이다.
다음으로 국가에 대한 충성심, 성실성 및 신뢰성을 조사한다는 것은 의미를 쉽게 확정할 수 없는 광범위하고 다의적인 규정이어서 기본권 제한 시에 지켜야 할 ‘명확성 원칙’을 위배하는 것이다라고 참여연대는 봤다.
참여연대는 지난 2003년 8월 27일에 이 같은 문제점을 시정할 수 있도록 국가인권위원회에 진정서를 낸 바 있고, 국가인권위원회는 2005년 2월 17일에 법률적 근거가 미비하다는 점을 인정하고 개선할 것을 결정한 바 있다.