[로이슈 전용모 기자] 대법원 제3부(주심 대법관 김재형)은 2022년 2월 10일 A회사가 원고들에게 라이선스 계약에 따라 지급한 사용료와 관련하여 원고들이 납부한 원천징수분 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분 취소 사건에서, 국내 미등록 특허권에 대한 사용료는 원천징수의 대상이 되는 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하면서도,‘이 사건 사용료에는 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용대가가 포함되어 있다’는 피고의 주장에 관해 심리대상이 아니라고 본 원심판결을 파기 환송했다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결).

원고들은 미국법인(마이크로소프트)으로 2011년 A회사와 ‘A회사와 그 자회사가 제조·판매하는 안드로이드 운영체계 기반 스마트폰과 태블릿에 대하여 기기당 일정액(이하 ‘이 사건 사용료’)을 지급받기로 하는 계약‘을 체결했다(이하 ‘이사건 계약’).

A회사는 2012 사업연도부터 2015 사업연도까지 이 사건 계약에 따라 원고2 명의의 계좌로 이 사건 사용료를 지급하고, 피고(동수원세무서장)에게 그에 따른 원천징수분 법인세 약 6,537억 원을 납부했다.
원고들은 이 사건 사용료에는 국내원천소득이 아닌 ‘국외에서 등록되었으나 국내에는 등록되지 않은 특허권’(이하 ‘국내 미등록 특허권’)에 대한 사용대가가 포함되어 있다는 이유로, 2016년 6월 29일 피고에게 그에 관한 원천징수분 법인세 약 6,344억 원의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 했다. 그러나 피고는 원고들의 경정청구에 대하여 아무런 통지를 하지 않았다(이하 ‘이사건 처분’).

원고들은 피고를 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기했다.

1심(수원지법)은 원고1의 청구에 대해 'A회사가 이 사건 계약에 따라 원고2 명의의 계좌로 이 사건 사용료를 지급한 이상 원고2에게 경정청구권이 있고, 원고1에게는 별도의 경정청구권이 인정되지 않는다며 각하했다.

원고2의 청구는 일부 인용해 원고2가 적법성을 인정하는 약 7억 원을 초과하는 부분(약 6,337억 원)을 취소했다.
원심(수원고법)은 항소 기각했다. 원고1 및 피고는 상고했다.

(쟁점) 원고1이 사용료소득의 실질귀속자로서 구 국세기본법 제45조의2 제4항의 경정청구를 할 수 있는 원천징수대상자에 해당하는지, 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소득에 해당하는지, 이 사건 계약의 사용료 지급대상 무형자산에 저작권과 기술 등이 포함되는지 여부가 법원의 심리대상인지가 쟁점이었다.

(원고1의 상고이유에 관한 판단) 원천징수의무자는 특별한 사정이 없는 한 실질과세의 원칙에 따라 국내원천소득의 실질귀속자를 기준으로 해당 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있으므로(대법원 2017. 12. 28. 선고 2017두59253 판결 등 참조), 소득의 실질귀속자는 구 국세기본법 제45조의2 제1항, 제4항 제3호에 따라 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다.

대법원은, 원심은 원고1이 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자인지 여부에 관하여 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 판단했다.

(피고의 상고이유에 관한 판단, 국내 미등록 특허권에 대한 사용료가 국내원천소드에 해당하는지) 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야 한다.
한미조세협약에 따르면, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641판결 등 참조), 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27.선고 2016두42883 판결 참조).

대법원은, 원심이 이 사건 사용료 중 국내 미등록 특허권에 대한 사용료는 외국법인의 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한 것은 정당하다 수긍했다.

(이 사건 계약의 사용료 지급대상 무형자산에 저작권과 기술 등이 포함되는지 여부가 법원의 심리대상인지) 원고들은 이 사건 사용료에 특허권 이외의 다른 권리의 사용대가는 포함되어 있지 않다는 전제에서 경정청구를 했고, 이에 대하여 피고는 원심에서 ‘이 사건 사용료에는 국내원천소득으로서 원천징수대상인 저작권, 노하우, 영업상의 비밀 등의 사용대가가 포함되어 있다’고 주장함으로써 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 추가 또는 변경했다고 볼 수 있다. 따라서 원심으로서는 피고의 위 주장에 관하여 심리·판단했어야 한다.

이와 다른 전제에서 피고의 위 주장이 법원의 심리대상이 아니라고 판단한 원심판결에는 법원의 심리대상 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않아 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 했다.

전용모 로이슈(lawissue) 기자 sisalaw@lawissue.co.kr