민변은 또한 "이번 조직개편안은 ‘대공-노동 및 학생-선거’로 이어지는 검찰의 공안기능에는 아무런 변화가 없다“며 ”이는 반북-반공 이데롱로기를 기초로 노동 및 학생운동을 탄압하고 정권유지를 위해 검찰의 공안기능을 이용하던 과거 권위주의적 시대의 잔재에서 검찰이 여전히 벗어나지 못하고 있음을 의미한다“고 주장했다.
민변은 그러면서 "검찰은 대공, 노동, 학생 및 선거 등 현재 공안부에 속한 각 영역의 사건들을 통합적 관리의 대상으로 보는 시각을 버리고 이들 사건을 통합 관리하기 위해 마련된 공안부를 폐지해야 한다"고 강조했다.
민변은 특히 "검찰이 준사법기관으로서 자리매김하는데 중심이 돼야 할 대검찰청은 중수부 직접수사기능의 비대화로 인해 대표적인 직접수사기관으로 인식되고 있다"며 "결과적으로 공소제기와 유지라는 검찰의 보래적 기능의 위축을 심화시켰고, 수사권의 중앙집중화로 인해 대검 자체가 끊임없이 정치적 중립성과 인권침해에 대한 시비에 휘말리게 된 만큼 검찰이 준사법기관으로 바로서기 위해서는 중수부의 직접주사기능을 폐지하고 대검을 검찰권한행사에 있어 통일적 기준을 제시하는 형사정책 및 형사법령에 대한 연구적 기능 및 인권침해에 대한 가시적 기능을 중심으로 재편해야 한다"고 주장했다.